Det køn, en person føler eller mener sig at være, oftest baseret på, hvorvidt man mener at hælde mest til det ene eller det andet køns kønstereotyper. Det kan være det modsatte køn, det biologiske køn, begge eller ingen af delene.
Begrebet blev udviklet af klinikerne John Money og Robert Stoller i 1950’erne og 60’erne. Kønsidentitet er en teori og ikke en konstateret kendsgerning: den kan hverken iagttages, måles eller efterprøves, og den er derfor et tvivlsomt grundlag for medicinsk behandling og lovgivning. Hvor køns-nonkonforme børn og unge tidligere “bare” var lidt anderledes og ofte voksede fra det, finder nogle nu forklaringen i at “være født i det forkerte køns krop”.